Многососковость. Изучение генетики.

Базовая информация по генетике и селекции

Модератор: Группа модераторы

Ответить
Аватара пользователя
elenohka0
Постоянный пользователь
Сообщения: 4856
Зарегистрирован: 25 май 2017, 21:25

Многососковость. Изучение генетики.

Сообщение elenohka0 » 15 янв 2020, 15:11

Карта наследственности и геномной ассоциации для лишних сосков французских альпийских и зааненских молочных коз.
Гугловский перевод, по ходу исправляю слова которые режут глаза :D ...

введение
В этой статье сообщается о количественной генетике и геномном анализе нежелательного присутствия лишних сосков (SNT) у коз. Нестандартные соски являются проблемой при разведении коз, так как они могут значительно снизить эффективность машинного доения , что приводит к увеличению времени доения и травм. Этот фенотип обычно регистрировался в течение последних 15 лет у французских альпийских и зааненских коз. Около 4% самок были отнесены к фенотипу SNT и, следовательно, не могли быть включены в программу разведения в качестве элитных животных.
Наследуемость этого бинарного признака, оценивается путем применения линейных логистических полигенных моделей 32,908 Alpine и 23,217 Saanen женщин, была 0,40 и 0,44, соответственно.
Общегеномное исследование ассоциации было проведено с использованием дочернего проекта, состоящего из 810 коз Саанен, родившихся из 9 козлов для искусственного осеменения, и 1185 альпийских коз, родившихся из 11 козлов, генотипированных с помощью чипа goatSNP50 (Illumina Inc., Сан-Диего, Калифорния). Это исследование ассоциации было основано на логистических полигенных моделях, одна с отдельно взятыми однонуклеотидными полиморфизмами, а другая с гаплотипами.как фиксированные эффекты. 2 породы были проанализированы вместе и по отдельности. Обнаружено, что ни одна область не является значимой на уровне генома, но 17 областей на 10 хромосомах были значительными на уровне хромосом.

Эти сигналы всегда были лишь немного выше порога значимости хромосомы, и только некоторые из них перекрывались при анализе. Нет доказательств сегрегации основных генов наших популяциях Saanen и Alpine, что указывает на то, что присутствие SNT наследуется полигенным образом. Этот вывод относительно детерминизма SNT согласуется с недавним анализом ассоциации у крупного рогатого скота, и один локус был даже обнаружен в ортологичной области.

Таким образом, вероятность применения отбора на основе маркеров к признаку SNT маловероятна, но, поскольку этот признак является наследуемым и регулярно записывается, им можно управлять путем присвоения специальной оценочной ценности размножения.

0
Все мои эксперименты, удачи и провалы происходят в моем хозяйстве с групповым содержанием коз.

Аватара пользователя
elenohka0
Постоянный пользователь
Сообщения: 4856
Зарегистрирован: 25 май 2017, 21:25

Многососковость. Изучение генетики.

Сообщение elenohka0 » 15 янв 2020, 15:16

Вступление
Лишние соски ( СНТ или полителия) распространены у многих видов млекопитающих. Частота СНТ значительно варьируется между видами и даже между породами. У крупного рогатого скота в литературе сообщается о частотах СНТ от 15 до 69%, в зависимости от породы и географического положения ( Brka et al., 2002 ). В исследовании 398 турецких коз Saanen , все из того же экспериментального стада ( Brka et al., 2007 ), частота пораженных животных составила 17%.



Факторы окружающей среды, предрасполагающие к СНТ, до сих пор не известны, но была предложена роль внутриматочных гормонов ( Brka et al., 2002 ). Поскольку SNT образуются во время эмбриогенеза , воздействие на окружающую среду является результатом внутриутробной среды и, в более широком смысле, окружающей среды самки. У самок свиней количество сосков связано с долей самцов в помете ( Drickamer et al., 1999 ), что, вероятно, связано с пренатальными гормонами и внутриутробным положением плода. У крупного рогатого скота отмечается более высокая частота возникновения СНТ у коров, родившихся от многоплодных животных, чем у коров, родившихся в первом соотношении, когда плотина простобеременны и не кормят грудью в одно и то же время ( Brka et al., 2002 ). Это различие может быть связано с дифференциальной экспрессией генов в пути передачи сигналов Wnt, которые могут быть вовлечены в аномальное развитие сосков ( Pausch et al., 2012 ).

Генетическая основа для наличия SNT была выдвинута гипотеза. У крупного рогатого скота оценочная наследуемость составляла от 9 до 63%, при этом большинство оценок составляло около 40% ( Brka et al., 2002 ). У коз единственная оценка наследуемости, основанная на небольшой выборке животных, составила 0,34 ( Brka et al., 2007 ).

Характер наследования изучался у разных видов. Простое доминантное или рецессивное наследование было предположено у людей ( Urbani и Betti, 1996 ), овец ( Vainikainen, 1945 ) и морских свинок ( Goertzen and Ibsen, 1951 ). У крупного рогатого скота картина наследования кажется более сложной, с некоторыми признаками неполной пенетрантности или олиго- или полигенного детерминизма ( Brka et al., 2000 , 2002 ). Некоторое картирование QTL было выполнено для количества сосков у коров ( Pausch et al., 2012 ; Joerg et al., 2014 ) и свиней ( Hirooka et al., 2001), но, насколько нам известно, до сих пор не было опубликовано никаких исследований генетической архитектуры СНТ у коз.

Морфология вымени очень важна для молочных жвачных, так как она влияет на то, как доильный аппарат подключен к особям ( Labussière, 1988 ; Peris et al., 1996 ). Наличие SNT может значительно снизить эффективность машинного доения, что приводит к увеличению времени доения и травм. Кроме того, СНТ и железы могут выступать в качестве резервуаров для бактерий и нести ответственность за повышенную восприимчивость к мастита ( BRKA и др., 2000 ).

Цель настоящего исследования состояла в том, чтобы оценить генетические параметры, определяющие присутствие SNT, а затем выявить области генома, управляющие признаком, выполнив исследование ассоциации всего генома ( GWAS ), основанное на данных чипа goatSNP50 (Illumina Inc., Сан-Диего, Калифорния) , Эти анализы могут определить возможность генетической или геномной селекции против СНТ во французских альпийских и зааненских породах молочных коз .

0
Все мои эксперименты, удачи и провалы происходят в моем хозяйстве с групповым содержанием коз.

Аватара пользователя
elenohka0
Постоянный пользователь
Сообщения: 4856
Зарегистрирован: 25 май 2017, 21:25

Многососковость. Изучение генетики.

Сообщение elenohka0 » 15 янв 2020, 15:17

Материалы и методы

Образцы ДНК для этого исследования были получены из Франции и хранились в Лаборатории женских исследований для животных (Jouy en Josas, Франция; www.labogena.fr ). Специально для данного исследования сбор спермы или забор крови не проводился. Сперма была собрана Capgenes (Mignaloux Beauvoir, France; http://www.capgenes.com/ ) из баксов на станциях AU, с разрешения (FR CC 860) от Direction Générale de l'Alimentation (Paris, France), и мы использовали дополнительные дозы из этой коллекции. Пробы крови были взяты на коммерческих фермах. Животные не были частью какого-либо экспериментального проекта, но были отобраны у ветеринаров или под ветеринарным надзором для обычной ветеринарной помощи; дополнительные пробы были запрошены при взятии проб крови.

0
Все мои эксперименты, удачи и провалы происходят в моем хозяйстве с групповым содержанием коз.

Аватара пользователя
elenohka0
Постоянный пользователь
Сообщения: 4856
Зарегистрирован: 25 май 2017, 21:25

Многососковость. Изучение генетики.

Сообщение elenohka0 » 15 янв 2020, 15:19

Популяционные ресурсы и фенотипы


В родословных и фенотипы в нашем исследовании , были взяты из французских национальных генетической базы данных , используемых для официальных генетических оценок. Животные были сааненскими и альпийскими козами, участвующими в национальной программе разведения.

Оценки частоты и наследственности фенотипов были определены по всем самкам, оцененным организацией по разведению коз Capgenes, с их 2 родителями, известными и родившимися между 2005 и 2007 годами. Стаи с менее чем 10 животными были исключены. Поскольку некоторые заводчики абсолютно хотят избегать животных с СНТ в своих лактирующих стадах и, следовательно, исключать животных, рожденных с СНТ в молодом возрасте до какого-либо зарегистрированного фенотипирования, стада без животных, несущих СНТ, были удалены, чтобы избежать систематической ошибки. Наконец, 23 217 саанен и 32 908 альпийских коз из 532 различных стад были включены в набор данных.

Набор данных GWAS был получен из подмножества сааненских и альпийских коз, участвующих в дочернем проекте, реализованном в 2009 и 2010 годах в рамках национальных проектов Genomcap (Франция) и Европейского союза 3SR ( www.3srbreeding.eu ). Проект состоял в общей сложности из 2254 коз из 250 коммерческих ферм, которые были произведены 20 различными баксами AI. 20 баксов были выбраны среди производителей ИИ, доступных в 2009 и 2010 годах, чтобы они представляли как генетическое разнообразие всего населения, так и максимизировать генетическое разнообразие между семьями. Было 9 саанен и 11 альпийских семей.

Животные из этих двух наборов данных были фенотипированы во время первой или второй лактации официальными классификаторами из ассоциации селекционеров (Capgenes). Информация о СНТ была качественной (то есть наличие или отсутствие); ни один из 20 долларов США не обладал СНТ. Функциональные и нефункциональные СНТ не были различены в нашем исследовании.

0
Все мои эксперименты, удачи и провалы происходят в моем хозяйстве с групповым содержанием коз.

Аватара пользователя
elenohka0
Постоянный пользователь
Сообщения: 4856
Зарегистрирован: 25 май 2017, 21:25

Многососковость. Изучение генетики.

Сообщение elenohka0 » 15 янв 2020, 15:20

Оценка генетических параметров
Частоты фенотипа были рассчитаны отдельно для альпийской и зааненской пород с использованием SAS ver. 9.2 программное обеспечение (SAS Institute Inc., Cary, NC). Частоты фенотипа в наборе данных, используемых для GWAS, также были рассчитаны для сравнения этой выборки с общей популяцией. Различные частоты были сравнены по критерию хи-квадрат и различия в значимости были объявлены на уровне 5%.

0
Все мои эксперименты, удачи и провалы происходят в моем хозяйстве с групповым содержанием коз.

Аватара пользователя
elenohka0
Постоянный пользователь
Сообщения: 4856
Зарегистрирован: 25 май 2017, 21:25

Многососковость. Изучение генетики.

Сообщение elenohka0 » 15 янв 2020, 15:22

Оценка наследственности
Компоненты дисперсии для присутствия SNT оценивали отдельно в 2 породах с помощью бинарной логистической смешанной модели животных с использованием программного обеспечения ASReml 3.0 ( Gilmour et al., 2009 ). Общая форма логистической модели была:

[1][ Ошибка математической обработки ]
где [ Ошибка математической обработки ]и P ( Y = 1) обозначает вероятность того, что коза будет иметь SNT в качестве показателя Y , с вектором фиксированных эффектов b , включая стадо рождения и год рождения; это случайное генетическое животное эффект, когда предполагается следовать[ Ошибка математической обработки ]и A - матрица отношений, основанная на информации о родословной; W и Z - матрицы инцидентности; и е - остаточный эффект .

Родословные содержали 4 поколения, включая 62 470 и 87 989 животных в породах саанен и альпийских пород соответственно. Наследственность по признаку оценивалась из отношения компонента дисперсии животных к сумме компонента дисперсии животных и остаточной дисперсии.

0
Все мои эксперименты, удачи и провалы происходят в моем хозяйстве с групповым содержанием коз.

Аватара пользователя
elenohka0
Постоянный пользователь
Сообщения: 4856
Зарегистрирован: 25 май 2017, 21:25

Многососковость. Изучение генетики.

Сообщение elenohka0 » 15 янв 2020, 15:24

Контроль качества СНП
Все 2254 козы и 20 долларов были генотипированы с использованием чипа Illumina goatSNP50 ( Tosser-Klopp et al., 2014 ). Экстракции ДНК из образцов крови и генотипирований были выполнены на Laboratoire d'анализов Génétiques налить ле Espèces Animales. Контроль качества проводился по породе и включал частоту вызовов SNP (> 99%), частоту вызовов животных (> 98%), минимальную частоту аллелей (> 2%), равновесие Харди Вайнберга ( P- значение выше 10 -6) и устранение несоответствия родословной. После этого контроля осталось 810 коз заанен (включая 55 животных с СНТ) и 1175 коз альпийских (включая 51 животное с СНТ) и их 20 производителей. После редактирования в общей сложности 49 647 из 53 347 синтезированных SNP были утверждены для дальнейшего анализа. Порядок и позиции маркеров были основаны на козловой сборке CHIR_1.0 ( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/GCF_000317765.1 ) и могут быть загружены ( http://www.goatgenome.org/ data / capri4dbsnp-base-CHI-OAR-UMD.csv ).

0
Все мои эксперименты, удачи и провалы происходят в моем хозяйстве с групповым содержанием коз.

Аватара пользователя
elenohka0
Постоянный пользователь
Сообщения: 4856
Зарегистрирован: 25 май 2017, 21:25

Многососковость. Изучение генетики.

Сообщение elenohka0 » 15 янв 2020, 15:27

Оценка стратификации населения
Расслоение популяции оценивали путем расчета матрицы генетических отношений по всем SNP и двум основным компонентам с использованием программного обеспечения GCTA ( Yang et al., 2011 ). Значения первого основного компонента были нанесены на график относительно значений второго основного компонента, чтобы идентифицировать потенциальную кластеризацию среди животных с или без СНТ.

GWAS
Исследование геномной ассоциации было проведено для каждой породы отдельно и вместе. Две модели были использованы в каждом случае. Первая модель была GWAS SNP: влияние каждого SNP было проверено индивидуально из следующей логистической модели со смешанными эффектами:
[2][ Ошибка математической обработки ]
где [ Ошибка математической обработки ]и P ( Y = 1) обозначает вероятность того, что козел имеет SNT в качестве производительности Y ; b - вектор фиксированного эффекта SNP [генотип, выраженный 0 (гомозиготный), 1 (гетерозиготный) или 2 (другой гомозиготный)]; W является матрицей инцидентности б соответствующего эффект SNP лиц; является случайным генетический эффект животного (полигенная эффект) , где предполагается следовать[ Ошибка математической обработки ]и A - матрица отношений, основанная на информации о родословной; Z - матрица заболеваемости, учитывающая структуру родословных среди особей; и е - случайный остаточный эффект, следующий за[ Ошибка математической обработки ]где I - единичная матрица, а остаточная дисперсия была установлена ​​на 1. В этом анализе были использованы только 4 самых последних поколения родословной.

Эти расчеты были выполнены с ограниченным максимальным правдоподобием с использованием программного обеспечения ASReml ( Gilmour et al., 2009 ). Каждый рассчитанный эффект SNP подвергался t- тесту для вычисления -log 10 ( P- значение). Из-за множественности тестов, поправка Бонферрони α = 5% была применена для порогов как для всего генома, так и для хромосомы (порог значимости = α / количество SNP). Любой SNP с P < 1,04 × 10 -6 считался достоверно ассоциированным на уровне всего генома. Пороги значимости для всей хромосомы варьировались от 1,62 × 10 -5до 6,34 × 10 -5 в зависимости от размера хромосомы.

Вторая модель использовала гаплотипы ; гаплотипы были построены с использованием Phasebook (Druet and Georges, 2010 ). Метод, реализованный в программном пакете Phasebook, был разработан для получения поэтапных гаплотипов в популяции с высокими отношениями, путем последовательного действия различных программ: гаплотипы были сначала реконструированы на основе семейной информации (менделевских правил сегрегации и информации о сцеплении) с использованием LinkPhase; и затем промежутки между восстановленными элементами были заполнены путем применения скрытой модели Маркова из комбинированного действия Beagle ( Browning and Browning, 2007 )и DAGPHASE (Druet and Georges, 2010 ). DAGPHASE затем запускали для определения случайно отсутствующих аллелей перед использованием Beagle, который, итеративно используемый с DAGPHASE, строил оптимально направленные ациклические графы и улучшал эти графы на каждой итерации. Окончательный вывод информации о гаплотипах из процесса представлял собой скрытые состояния гаплотипов, определенные для каждой позиции SNP.

Были использованы следующие параметры: пороговое значение вероятности для атрибута родительского происхождения было установлено равным 1,0 для LinkPHASE, как рекомендовано Druet and Georges (2010) . Параметры итерации и сдвига от Beagle (версия 3.3.2) были установлены на 10 и 0.0 соответственно, согласно инструкции из Browning and Browning (2007) . Были протестированы различные параметры шкалы, и для ее соответствия данным была выбрана шкала = 6 согласно графикам квантиль-квантиль ( QQ ). Максимальное количество скрытых состояний гаплотипа в одной позиции было 10 в Саанене, 12 в Альпийском и 15, когда обе породы были проанализированы вместе.

Модель, использованная для этой ассоциации на основе гаплотипов, была идентична первой модели, за исключением того, что в модели вместо SNP был использован эффект гаплотипа (то есть скрытый кластерный эффект):
[3][ Ошибка математической обработки ]
где [ Ошибка математической обработки ]и P ( Y = 1) обозначает вероятность того, что козел имеет SNT в качестве производительности Y ; β - вектор эффекта гаплотипа (скрытый кластерный эффект); W - матрица заболеваемости β- соответствующим эффектом гаплотипа для индивидуумов (2 гаплотипа на животное и положение были установлены как 2 связанных фиксированных эффекта, так что одни и те же гаплотипы давали одинаковые эффекты); а - случайный генетический эффект животного (полигенный эффект); и Z и е являются такими же , как и в модели [2]. Одна и та же родословная использовалась повсюду.

Ограниченное максимальное правдоподобие было применено для решения модели с использованием ASReml ( Gilmour et al., 2009 ). Гаплотипические эффекты всех гаплотипов были рассчитаны, F-тест был выполнен для определения значимости, и поправка Бонферрони была применена к α = 5%.

0
Все мои эксперименты, удачи и провалы происходят в моем хозяйстве с групповым содержанием коз.

Аватара пользователя
elenohka0
Постоянный пользователь
Сообщения: 4856
Зарегистрирован: 25 май 2017, 21:25

Многососковость. Изучение генетики.

Сообщение elenohka0 » 15 янв 2020, 15:32

Валидация статистики испытаний на графиках QQ
Графики QQ были построены для каждого анализа (модель GWAS по совокупности популяций), чтобы проверить общее распределение тест-статистики и оценить степень соответствия модели для этого анализа. В соответствии с гипотезой, что большинство SNP не связаны с признаком, соответствующие графики QQ должны следовать линии 45 ° y = x, чтобы подтвердить хорошее соответствие наблюдаемых (ожидаемых) (теоретических) распределений. Это было проверено для графиков QQ, полученных здесь ( рисунок 1 ).

1-s2.0-S0022030216305562-gr1.jpg
Рисунок 1 . Квантильно-квантильные графики исследования по геномной ассоциации анализируют SNP по SNP и по гаплотипу для анализа внутри и между зааненскими и альпийскими породами.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

0
Все мои эксперименты, удачи и провалы происходят в моем хозяйстве с групповым содержанием коз.

Аватара пользователя
elenohka0
Постоянный пользователь
Сообщения: 4856
Зарегистрирован: 25 май 2017, 21:25

Многососковость. Изучение генетики.

Сообщение elenohka0 » 15 янв 2020, 15:40

Результаты
Частота фенотипа SNT у французских зааненских и альпийских коз
Распределение и частоты фенотипа SNT в разных наборах данных представлены в таблице 1 . Частоты были близки к 4% и схожи между годами и породами, за исключением набора данных GWAS для породы Saanen , который показал слегка и значительно более высокую частоту (6,8%, P = 0,0008). Кроме того, частота SNT значительно варьировалась между семействами в наборе данных GWAS, варьируя от 0,8 до 11,9%, как показано на рисунке 2 .
табл1.png
Таблица 1 . Доля (и количество) самок, фенотипированных как неопознанные соски (SNT), в зависимости от года рождения у саанен и альпийских пород, зарегистрированных в национальной базе данных и родившихся в 2005, 2006 или 2007 году

1-s2.0-S0022030216305562-gr2.jpg
Рисунок 2 . Распределение частот неоправданных сосков в семьях из дизайна исследования по геномной ассоциации . Каждый столбец соответствует одной семье (все дочери одного и того же отца), а цвет столбца указывает на породу: синий (светло-серый) для альпийского и красный (черный) для заанен .
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

0
Все мои эксперименты, удачи и провалы происходят в моем хозяйстве с групповым содержанием коз.

Аватара пользователя
elenohka0
Постоянный пользователь
Сообщения: 4856
Зарегистрирован: 25 май 2017, 21:25

Многососковость. Изучение генетики.

Сообщение elenohka0 » 15 янв 2020, 15:47

наследуемость
Оценочная наследственность присутствия SNT у 2 пород была одинаковой; то есть 0,44 (SE = 0,04) и 0,40 (SE = 0,04) в Saanen и Alpine, соответственно, с генетической дисперсией 0,77 и 0,66 соответственно.

Оценка стратификации населения
Результаты анализа основных компонентов, основанные на информации SNP, были затем использованы для построения и построения структуры населения и изучения возможности улучшения последующих анализов. Как показано на рисунке 3 , структура популяции отражает наличие 2 пород (альпийская слева и саанен справа) и 20 семейств, используемых в нашей дочерней схеме. На фиг.3 показано широкое распределение изучаемого фенотипа на графике. Поскольку GWAS использовала матрицу отношений для учета структуры семьи, не было сделано никаких дополнительных поправок для стратификации населения.

1-s2.0-S0022030216305562-gr3.jpg
Рисунок 3 . Карта структуры населения, составленная из первых двух основных компонентов (а) по семейству, каждый символ соответствует 1 семейству и (b) по фенотипу. СНТ = лишние соски.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

0
Все мои эксперименты, удачи и провалы происходят в моем хозяйстве с групповым содержанием коз.

Аватара пользователя
elenohka0
Постоянный пользователь
Сообщения: 4856
Зарегистрирован: 25 май 2017, 21:25

Многососковость. Изучение генетики.

Сообщение elenohka0 » 15 янв 2020, 15:57

GWAS Analyses
GWAS проводились внутри и между породами и с использованием SNP или гаплотипов . Соответствующие факторы инфляции варьируются от 1,02 до 1,05. Графики Манхэттена показаны на рисунке 4 . Эти 6 анализов не показали какой-либо значимой области на пороге генома, но 17 областей были значительными на уровне хромосом. Все эти последние важные позиции подробно изложены в таблице 2 . В каждом анализе были обнаружены значимые SNP от одной до четырех хромосом. Только локус найден на Capra hircus аутосомном (CHI) 12 около 25 Мб перекрываются (в пределах интервала 5 Мб) в 2 разных анализах (анализ гаплотипа Саанена при 28,7 Мб и анализ гаплотипа 2-х пород при 24,2 Мб). Таким образом, различные хромосомные значимые регионы были обнаружены в каждой породе, и в основном новые совпадения были обнаружены при объединении наборов данных из 2 пород.
1-s2.0-S0022030216305562-gr4.jpg
Рисунок 4 . Геномные графики в масштабах всего генома в рамках исследования ассоциации генома (GWAS) анализируют SNP по SNP и по гаплотипу для анализа внутри и между сааненскими и альпийскими породами. На графиках Манхэттена показаны объединенные сигналы ассоциации [-log 10 ( P )] на оси Y в зависимости от положения SNP в геноме козы на оси X и упорядочены по номеру хромосомы . Черные линии представляют 5% -ый геномный порог. Хромосомы упорядочены от аутосомы Capra hircus (CHI) 1 до CHI29, и Х-хромосома является последней.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

0
Все мои эксперименты, удачи и провалы происходят в моем хозяйстве с групповым содержанием коз.

Аватара пользователя
elenohka0
Постоянный пользователь
Сообщения: 4856
Зарегистрирован: 25 май 2017, 21:25

Многососковость. Изучение генетики.

Сообщение elenohka0 » 15 янв 2020, 15:59

табл2.png
табл3.jpg
1
Таблица дает для каждого сигнала: соответствующую популяцию и метод; то есть, SNP по SNP или по гаплотипу, число хромосом, SNP, где достигается максимум, а также его положение и связанная с ним вероятность.

2
Капра Гиркус аутосомно.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

0
Все мои эксперименты, удачи и провалы происходят в моем хозяйстве с групповым содержанием коз.

Аватара пользователя
elenohka0
Постоянный пользователь
Сообщения: 4856
Зарегистрирован: 25 май 2017, 21:25

Многососковость. Изучение генетики.

Сообщение elenohka0 » 15 янв 2020, 16:04

обсуждение
Частота СНТ во французской популяции молочных коз , как указано в национальной базе данных, очень низкая (в среднем 4%). Истинная частота, вероятно, выше, так как признак не легко фенотипировать. В самом деле, некоторые технические рекомендации рекомендуют сокращать любое видимое СНТ сразу после рождения, и, как это могут сделать некоторые заводчики, последующее фенотипирование может быть ошибочным. Заводчики также могут избегать носителей СНТ, когда они выбирают молодых самок для замены. Поэтому часть пораженных животных больше не будет присутствовать в отарах, когда самки фенотипируются классификаторами во время их первой лактации . Наблюдаемые здесь частоты действительно ниже, чем в литературе [то есть 17% для коз ( Brka et al., 2007).) или от 15 до 69% для крупного рогатого скота ( Brka et al., 2002 )]. Данные по козам в литературе были получены из одного экспериментального стада и, возможно, не являются репрезентативными для турецкой популяции сааненских коз.

В наследуемости оценка в этом исследовании (ч 2 = 0,40 до 0,44) находится в пределах диапазона найден для того же признак в литературе; то есть, аналогично наиболее частым результатам для коров, с h 2 = 45% для немецкого симментальского и h 2 = 43% для немецкого коричневого швейцарского ( Brka et al., 2002 ) и незначительно, но незначительно отличается от единственного опубликованного исследование коз, где h 2 составляло 34% ( Brka et al., 2007 ), с учетом доверительных интервалов оценок. Мы пришел к выводу, что SNT обладают значительной генетической изменчивостью и что генетический отбор и обнаружение геномных областей, контролирующих этот фенотип, возможно.

Анализы GWAS выявили умеренное количество сигналов, рассеянных по всему геному козы (17 областей на 10 хромосомах), как показано на рисунке 5 , но ни один не был выше порога значимости генома.Таким образом, присутствие SNT, по-видимому, является полигенным признаком, и в наших популяциях Saanen и Alpine не было обнаружено никаких признаков сегрегации основного гена . Несмотря на некоторые свидетельства доминантного наследования одного гена, основанные на родословных или семейных исследованиях, у других видов млекопитающих ( Vainikainen, 1945 ; Goertzen и Ibsen, 1951 ; Urbani and Betti, 1996 ; Howard and Gusterson, 2000 ), ситуация с козами кажется отличаться. Наши результаты, как правило, согласуются с более поздними исследованиями у крупного рогатого скота, основанными на семейных ( Brka et al., 2000 ) или геномных исследованиях ( Pausch et al., 2012 ; Joerg et al., 2014), что привело к заключению, что детерминизм был полигенным или олигогенным.
1-s2.0-S0022030216305562-gr5.jpg
На рисунке 5 . Карта, показывающая положение всех значимых для всей хромосомы сигналов на геноме козы, с номером хромосомы на оси x и физическим положением сигнала на хромосоме (в Mbp) на оси y. В дополнение к нашим значимым сигналам, значимые позиции, обнаруженные у крупного рогатого скота, здесь размещены на соответствующих позициях в геноме козы и помечены названием их исследования [Pausch el al. (2012) или Joerg et al. (2014 )].

Отсутствие какого-либо совпадения между SNP, обнаруженным SNP, и анализом на основе гаплотипа в идентифицированных регионах было поразительным, учитывая, что животные были одинаковыми. Одной из причин может быть то, что 2 метода обнаруживают разные типы сигналов. Однонуклеотидный полиморфизм GWAS - лучший способ обнаружить сигнал (причинную мутацию), связанный с одним SNP, но в неравновесном состоянии слабой связи с его соседями. Теоретически, однако, этот метод может давать некоторые ложные срабатывания. Для сравнения, GWAS по гаплотипу , который основан на ассоциации фазированных гаплотипов, учитывает потенциальное неравновесное сцепление между маркерами. На основании как смоделированных, так и реальных данных ячменя, Lorenz et al. (2010) пришел к выводу, что превосходство одного над другим методом обнаружения QTL зависит от истории популяции и архитектуры признаков, и рекомендовал использовать методы гаплотипа в качестве дополнения к SNP GWAS. Сильные стороны методов SNP включают тот факт, что ошибки в порядке расположения карт не будут влиять на анализ одного SNP, но могут привести к неправильному выводу аллелей гаплотипа. Кроме того, гаплотип-тесты GWAS основаны на распределениях хи-квадрат с большей степенью свободы, чем для одиночныхSNP, так что для того же P- значения отношения правдоподобия должны быть выше, чтобы достичь порогов значимости ( Lorenz et al., 2010 ). Однако преимуществом множественности комбинаций аллелей в гаплотипе GWAS является повышенная вероятность обнаружения сигнала, если ответственный ген больше, чем двуаллельный. Как правило, текущая ассоциация на основе гаплотипов не обеспечивает больше совпадений или попаданий с гораздо меньшими значениями P, чем подход SNP по SNP, но выделяет различные области генома. Более того, на устойчивость ассоциации на основе гаплотипа в значительной степени влияет точность реконструкции гаплотипирования, которая зависит от структуры семейства выборки и используемых параметров. Основной ген для СНТ должен иметьбыл обнаружено оба методами, или по крайней мере один, но все анализы указали на полигенный контроль с несколькими локусами с малой P -величиной.

Локусы, связанные с SNT, находились на разных хромосомах или в разных положениях у 2 пород, изученных отдельно. Эти результаты указывают на то, что основные гены, ответственные за SNT - или частоты аллелей - действительно различаются между двумя породами.

Это наблюдение согласуется с предыдущими обнаружениями QTL для других признаков в этих 2 породах с использованием одного и того же набора данных, который показал общие местоположения QTL по породам только для некоторых признаков молочных продуктов и различный генетический контроль для большинства других признаков ( Maroteau et al. , 2013 ). Наша цель в объединении двух пород состояла в том, чтобы увеличить мощность и выявить те локусы, которые показали последовательную связь с СНТ в двух породах. Этот подход привел в основном к выявлению новых мест, ранее не обнаруженных в породе. Следовательно, SNP, обнаруженный в результате анализа смешанных пород , вероятно, связан с общими локусами, которые оказывают последовательное, но незначительное влияние на SNT в каждой породе.

Ни одна из областей, обнаруженных здесь, не соответствует ортологичной области бычьей хромосомы 20, связанной с бычьим СНТ ( Joerg et al., 2014 ), или 3 из 4 сигналов, обнаруженных во втором исследовании ( Pausch et al., 2012 ). Однако сигнал, расположенный в ортологичной области на CHI13 (BTA5, 186,792 п.н.), соответствует SNP, обнаруженному для породы Saanen в анализе SNP. Ассоциированная область в геноме быка содержит предсказанные гены, сходные с генами, которые, как известно, участвуют в передаче сигналов Wnt. Этот путь может быть вовлечен в развитие эмбриональной молочной железы, а также является потенциальным кандидатом для формирования SNT ( Pausch et al., 2012 ).

В нашем исследовании информация SNT была выражена в двоичном виде (то есть, наличие или отсутствие). Однако более точное описание этого фенотипа будет включать количество SNT, их положение и то, являются ли они функциональными. В настоящее время эта информация недоступна. Фенотип, который мы использовали в нашем исследовании, может быть смесью разных признаков и под контролем разных генов, что может в некоторой степени объяснить наши запутанные результаты GWAS. Результаты Joerg et al. (2014)указывает на очень высокую наследуемость (0,604), когда были приняты во внимание только каудальные SNT. Таким образом, хотя детерминизм кажется полигенным в каждом случае, наследственность может быть увеличена и выбор будет более быстрым, если фенотип будет лучше определен. В нашем исследовании фенотип не был детально определен (у нас было только наличие или отсутствие информации о СНТ), но развитие этого аспекта могло бы стать будущей целью.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

0
Все мои эксперименты, удачи и провалы происходят в моем хозяйстве с групповым содержанием коз.

Аватара пользователя
elenohka0
Постоянный пользователь
Сообщения: 4856
Зарегистрирован: 25 май 2017, 21:25

Многососковость. Изучение генетики.

Сообщение elenohka0 » 15 янв 2020, 16:06

Выводы
Частота (4%) и наследуемость (0,40–0,44) присутствия СНТ были оценены для 2 основных французских пород коз: альпийская и саанен . Большой объем данных генотипирования позволил нам найти несколько областей генома, связанных на уровне значимости хромосомы с признаком для каждой породы. Были обнаружены только небольшие сигналы, что привело нас к гипотезе о полигенном детерминизме. Эти результаты означают, что возможность выбора на основе маркеров по признаку SNT маловероятна. Однако, поскольку эта черта является наследственной и регулярно записывается, она может управляться с помощью специального EBV. В настоящее время только животные с СНТ исключены из ассортативного спаривания.сделано в рамках схемы разведения, а присутствие родственников, несущих СНТ, не учитывается. Создание EBV, предоставляя лучшую информацию о каждом животном, было бы лучшим способом выбора против этой черты и снижения частоты этого нежелательного фенотипа.

Подтверждения
Авторы благодарят Пьера Мартина и все племенные организации Capgenes (Миньялу Бовуар, Франция) за предоставленные данные и их полезный вклад. Эта работа была поддержана грантами французских организаций через «Genomcap» [исследовательская программа, включающая INRA , APIS-GENE, Национальный союз кооперативов по животноводству (UNCEIA) , Capgenes и France Conseil Elevage (FCEL)] и ЕС (FP7 / 2007-2013), грант № 245140 , «3SR», «Устойчивые решения для мелких жвачных животных» ( http://www.3srbreeding.eu/ ). Авторы благодарят привлеченных партнеров.

0
Все мои эксперименты, удачи и провалы происходят в моем хозяйстве с групповым содержанием коз.

Аватара пользователя
elenohka0
Постоянный пользователь
Сообщения: 4856
Зарегистрирован: 25 май 2017, 21:25

Многососковость. Изучение генетики.

Сообщение elenohka0 » 15 янв 2020, 20:41

Овцы с несколькими сосками
по тропам овец Америки


Овцы с несколькими сосками
От: Американские овечьи тропы

С. 553-555

Один из самых необычных экспериментов в овцеводстве пришелся на конец девятнадцатого века. Летом 1886 года Александр Грэм Белл, изобретатель телефона, провел свой отпуск на острове Кейп-Бретон в Новой Шотландии. Тот факт, что его соседи оперировали одного ягненка на рождение, вызвал у Белла интерес к увеличению плодовитости. Но большая плодовитость предполагала дополнительные проблемы, поскольку у овец была только одна пара сосок. Белл чувствовал, что больше сосков и увеличение выработки молока необходимы для поддержки ягнят. Среди разных видов животных Белл знал, что у тех, у кого было больше мам, при рождении было больше потомков, и чувствовал, что это явление представляет собой осязаемую точку отбора.

Поэтому в 1889 году доктор Белл объявил, что заплатит премию за овец, у которых было более двух функциональных сосок. Мало что известно о генетическом происхождении овец Новой Шотландии, но большинство из них обладают тенденцией к появлению нескольких сосков, и эта особенность появлялась у их потомства довольно регулярно. В конце первого года у овец Белла в среднем было 2,5 соска; к 1900 году - 4,28; и к 1910 году 6.1. В стаде миссис Белл, продолжавшемся после того, как стадо изобретателя было разделено, в среднем было 5,51 в 1923 году. Интересно, что добавленные соски не стимулировали дополнительные молочные железы, но было определенное прямое расширение ткани молочной железы от железы уже существует. Молочная емкость этих передних сосков казалась небольшой.

В то время как стадо началось с двух баранов с нормальным рисунком молочных желез, к 1895 году использовались баран с четырьмя сосками, а к 1899 году - баранов с шестью сосками. В 1910 году баранов в среднем насчитывалось 6,8, но после 1913 года использовались только шесть сосков. Овцы с шестью сосками очень редки, за двадцать два года сообщалось только о двух, которые не были связаны с стадом д-ра Белла Беин Бри. Приведенные выше цифры отбора иллюстрируют выбор, применяемый к племенному скоту - у ягнят количество сосков увеличилось с 2,27 в урожае 1890 года до 5,23 в урожае 1923 года. Тем не менее, в некоторые годы средние показатели были выше - 5,40 в 1913 году; 5,38 в 1914 году; и 5,39 в 1921 году.

В начале своих экспериментов доктор Белл сообщил, что его нормальные соски показали 24 процента рождений близнецов, в то время как его овцы с несколькими сосками производили 42 процента. Его система отбора, основанная на этом наблюдении, принесла свои плоды, поскольку процент овец, показавших многократные роды, заметно возрос за этот период. На момент смерти доктора Белла в 1922 году стадо овец показало множественные роды более чем на половине родов.

Когда год спустя миссис Белл умерла, стадо из тринадцати овец и одного барана было передано экспериментальной станции Университета Нью-Гемпшира в Дареме под руководством доктора Э.Г. Ритцмана. В течение пяти лет, 1923-33 гг., Общий вес ягненка на овцу в возрасте восьми недель составлял 63,7 фунта на 70 овец, имеющих двойню, и 36,4 фунта на 231 овцу, у которых было одиночное рождение. Овцы-близнецы имели на 75% больше веса.

В течение нескольких лет, предшествовавших получению стада с множеством сосков, Ритцман скрещивал Rambouillets и Southdowns, чтобы произвести тип, который дает более удовлетворительные урожаи баранины и шерсти вместе взятых. Когда на стан прибыло стадо бейн-бриагов, этот тип скрещенных овец был для него помощником, так как колокольчик почти не обращал внимания на качество баранины и шерсти. Высокая способность к твинингу была сохранена и улучшена: почти 70 процентов овец показали многократные роды в 1938 году и почти 80 процентов год спустя. Чтобы придать однородный внешний вид породы, был скрещен суффолкский баран с четырьмя сосками. В 940 году порода была передана в Бюро животноводства в Белтсвилле, штат Мэриленд, для создания генетически, а осенью 1941 года она была основана в конная ферма Морган в Мидлбери, штат Вермонт.

Статистические исследования, проведенные после четырех лет работы на новом месте, показывают, что часть повышенной рождаемости была вызвана увеличением возраста овец, так как доля близнецов обычно максимальна: от четырех до десяти лет у овец мериносовых и до четырех-семи. годы в баранине. Только у овец с четырьмя сосками существовала значительная связь между количеством ягнят и количеством сосков. Пока что эти овцы не приобрели никакого коммерческого значения, но метод, с помощью которого они были разработаны, и тип сохраняемых записей делают его интересным примером синтеза породы.

Следующее появилось в выпуске «Овцевод» за декабрь 1932 года на странице 31.

Два выдающихся барана были отправлены Университетом Нью-Гемпшира на Экспериментальную станцию ​​Ротамстед в Англии, где они будут использоваться в работе по разведению овец. Исследование Ротамстеда будет похоже на уже начатое профессором Э.Г. Ритцманом, директором по исследованиям в области животноводства, профессора Э.Г. по развитию овец, которые будут давать молодым животным и несут четыре или более соска, которые дают достаточно молока для кормления их близнецов. Г-н Ритцман также стремится к сочетанию тонкой шерсти, быстрой зрелости и высокой продуктивности баранины наряду с характеристиками с множеством сосков и высокой плодовитостью.

0
Все мои эксперименты, удачи и провалы происходят в моем хозяйстве с групповым содержанием коз.

Аватара пользователя
elenohka0
Постоянный пользователь
Сообщения: 4856
Зарегистрирован: 25 май 2017, 21:25

Многососковость. Изучение генетики.

Сообщение elenohka0 » 15 янв 2020, 20:47

Почему у коз и овец только 2 соска, а у собак и кошек их так много?
2 ответы
Бет Голдовиц

Обновлено 26 апр. 2017 г. · Автор имеет 15.4k ответов и 28.4m просмотров
Первоначально ответил: Почему у козы или овцы есть только 2 соска, а у собак и кошек их так много?
Мне жаль. Тот факт, что у коз и овец часто есть двое детей, а у собак и кошек более крупные пометы, никак не связан с количеством их сосков. У коров есть вымя с четырьмя сосками, но они редко рожают более одного теленка, если они не принадлежат к хорошо управляемому стаду. Так что это результат манипуляций со стороны пастыря, а не естественное следствие размножения у этих животных. То же самое касается овец и коз. При правильном управлении и правильном питании они рожают близнецов, но это не является естественным состоянием и, вероятно, ослабит способность диких матерей кормить как детей, так и ягнят. Таким образом, по логике других ответов, на их вымени должна быть одна соска. Но млекопитающие двусторонне симметричны, поэтому их два. Очевидно, это отличается от коз, разводимых для мяса, а не молочных.

Недавние исследования показали, что млекопитающие соответствуют так называемому правилу половины, иными словами, их типичный размер помета равен половине типичного количества сосок, которые есть у животного. Мы можем видеть это у людей, у которых типичный размер помета - один ребенок, в среднем максимум два без использования препаратов для лечения бесплодия. Тройняшки чрезвычайно редки у людей и всегда являются причиной как празднования, так и дурной славы. Тем не менее, удивительно большой процент людей действительно имеет нештатные соски или материал груди, который с медицинской точки зрения безвреден, но который может быть индикатором эволюционной адаптации к более крупным пометам в наше время.

Апрель Жираф был в новостях в последнее время много, в том числе снимки ее (слегка) опухшие вымя по мере приближения родов, и ясно, что, хотя она ожидает одного теленка, у нее есть четыре соски. Таким образом, хотя правило «половина» является хорошим общим правилом, оно не обязательно является предиктором численного исхода беременности.

Телки, которые рождаются как близнецы с быком, часто бесплодны, и они известны как freemartins. Очевидно, что бесплодная корова не является активом для стада, поэтому двойникование не очень полезно для коров, по крайней мере, с точки зрения фермера.

1
Все мои эксперименты, удачи и провалы происходят в моем хозяйстве с групповым содержанием коз.

Аватара пользователя
elenohka0
Постоянный пользователь
Сообщения: 4856
Зарегистрирован: 25 май 2017, 21:25

Многососковость. Изучение генетики.

Сообщение elenohka0 » 15 янв 2020, 22:12

Господи, какой кошмар

1
Все мои эксперименты, удачи и провалы происходят в моем хозяйстве с групповым содержанием коз.

Аватара пользователя
elenohka0
Постоянный пользователь
Сообщения: 4856
Зарегистрирован: 25 май 2017, 21:25

Многососковость. Изучение генетики.

Сообщение elenohka0 » 15 янв 2020, 22:20

Не . :shock:

1
Все мои эксперименты, удачи и провалы происходят в моем хозяйстве с групповым содержанием коз.

Аватара пользователя
elenohka0
Постоянный пользователь
Сообщения: 4856
Зарегистрирован: 25 май 2017, 21:25

Многососковость. Изучение генетики.

Сообщение elenohka0 » 16 янв 2020, 10:57

У меня один козел имел в роду многососковость. Эту многососковость передал своим малышам, не всем... но рисковать и играться с его генами нет желания. Все его семейство отправится на производство балыка. 8-)

0
Все мои эксперименты, удачи и провалы происходят в моем хозяйстве с групповым содержанием коз.

Аватара пользователя
elenohka0
Постоянный пользователь
Сообщения: 4856
Зарегистрирован: 25 май 2017, 21:25

Многососковость. Изучение генетики.

Сообщение elenohka0 » 26 янв 2020, 13:43

Никому нет чего рассказать о многососковости. Возможно у кого то есть опьіт?

0
Все мои эксперименты, удачи и провалы происходят в моем хозяйстве с групповым содержанием коз.

Аватара пользователя
elenohka0
Постоянный пользователь
Сообщения: 4856
Зарегистрирован: 25 май 2017, 21:25

Многососковость. Изучение генетики.

Сообщение elenohka0 » 27 янв 2020, 17:28

faults_cropped.jpg
соски двойні.jpg
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

0
Все мои эксперименты, удачи и провалы происходят в моем хозяйстве с групповым содержанием коз.

Аватара пользователя
Чижик
Постоянный пользователь
Сообщения: 14649
Зарегистрирован: 25 авг 2015, 19:46

Многососковость. Изучение генетики.

Сообщение Чижик » 27 янв 2020, 23:41

мое мнение однозначно: таких животных пускать в разведение нельзя...использовать в товарном козоводстве - пожалуйста... но куда девать потомство даже если уу них нет многососковости?

сегодня Ирина Жорова на фб выложила статью об исследовании многососковости на овцах... ну не знаю...конечно же, повод поразмышлять...

надо сюда её запостить...
Лен, может копирнешь?

0
Мир заботливо и с любовью держит меня в своих ладонях, одаривая, согревая, сохраняя,защищая, ограждая и взращивая

Аватара пользователя
elenohka0
Постоянный пользователь
Сообщения: 4856
Зарегистрирован: 25 май 2017, 21:25

Многососковость. Изучение генетики.

Сообщение elenohka0 » 28 янв 2020, 22:07

Чижик писал(а):
27 янв 2020, 23:41
сегодня Ирина Жорова на фб выложила статью об исследовании многососковости на овцах... ну не знаю...конечно же, повод поразмышлять...
Марина, это я выложила. Статья выше в теме, и не только эта, пройдись. В группе Ассоциации Плем.коз на ФБ тоже выложила.... а в ответ- только два человека заинтересовались.... :twisted:
Я Козочку отдам стричь газон у дочери, за потомство козочки не волнуюсь... Рядом профессиональная бойня и люди любят шашлык... В другие руки я не рискну отдать, наплодят ради денег.... :-x
Я знала, что такое может случиться от этого козла, :? и я тоже люблю мяско... :scratch_one-s_head
Теперь у меня есть еще один опыт, спасибо за него в начале своего пути к миниатюркам!!! Обидно , если бы этот сюрприз вылез на 5-6 поколении, когда цель ближе. :kniga
Я намерена и второго козла проверить на скрытый ген... Инбредингом... еще не придумала какой... :D

0
Все мои эксперименты, удачи и провалы происходят в моем хозяйстве с групповым содержанием коз.

Аватара пользователя
elenohka0
Постоянный пользователь
Сообщения: 4856
Зарегистрирован: 25 май 2017, 21:25

Многососковость. Изучение генетики.

Сообщение elenohka0 » 11 мар 2020, 10:05

Чижик писал(а):
27 янв 2020, 23:41
но куда девать потомство даже если уу них нет многососковости?
Уж лучше таких оставить для товарного.
Лазила по иностранньіх форумах... некоторьіе заводчики, а это те кто зарегистрированных коз держит, шпоры удаляют, козлов от матери , или отца с генетикой многососковости кастрируют, а вот козочек уже не регистрируют, так как в доках обязательно указывают что в роду многососковость. Если козочка имела шпоры, без каналов отростки их перетягивают жгутом и они отсыхают, или отрезают раскаленными ножницами в 2-х месячном возрасте.
Козочки несущие шпоры должны покрываться проверенным козлом на многососковость, тогда у далюнем поколении многососковость не проявляется. Проверяют козла на дочерях.
======
Я планирую проверить второго козла. Первого съели давал многососковость, а детки красивые :) - будут шашлыками, с таким пороком даже в товарное не оставишь :wacko2 .
DSC05867.jpg
DSC05867.JPG
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

0
Все мои эксперименты, удачи и провалы происходят в моем хозяйстве с групповым содержанием коз.